En 2006, el Gobierno de la Unión Europea rindió homenaje y le otorgó su nombre a la entrada principal del Parlamento Europeo, como símbolo de la aportación española a la lucha por los derechos y libertades en Europa. También en el Congreso de los Diputados, en Madrid, figura su nombre junto a los de otros españoles héroes de la libertad.
En 1831, en un registro de su casa, Ramón Pedrosa y Andrade, comisionado especial para las causas de conspiración contra la Seguridad del Estado, una especie de policía política, requisa una bandera de dos metros por uno aproximadamente, hecha en tafetán morado, en la que había cosido un triángulo verde, los dos colores del concepto de Oriente masónico y en la que se había bordado en hilo rojo el lema liberal Igualdad, libertad y ley. Aunque erróneamente se le atribuyó como bandera nacional según su propia leyenda, su significado político fue el mismo. Es arrestada, acusada de conspiración o insurrecta, e inmediatamente encarcelada.
En una de sus reuniones en Gibraltar se le había encargado coser y tejer la bandera, pero como ella no sabía bordar, encargó la tarea a dos criadas. Una de ellas tenía relaciones con un clérigo liberal y vio el bordado, víctima de su propia devoción partidista advirtió a su padre realista, el doctor Julián Herrera, que moderase su fervor absolutista ya que la revolución era inminente. Este lo denunció y Pedrosa, detrás de Pineda durante muchos años, la detuvo bajo arresto domiciliario mientras obligaba a esconder la bandera en la casa para que la policía obtuviera así la prueba del delito.
Intenta escapar disfrazada de anciana, pero es detenida de nuevo y encerrada en el convento de Santa María Egipciaca de Granada, que utilizado originariamente para rehabilitar prostitutas había degenerado en una cárcel común para mujeres. Durante el juicio, Pedrosa, quien se le había insinuado, enamorado o confundido por la libertad sentimental de Pineda, intenta convencerla de que delate a sus cómplices a cambio de perdonarla, pero ella se niega:
Nunca una palabra indiscreta escapará de mis labios para comprometer a nadie. Me sobra firmeza de ánimo para arrostrar el trance final. Prefiero sin vacilar una muerte gloriosa a cubrirme de oprobio delatando a persona viviente.
Finalmente, tras un juicio lleno de irregularidades, Fernando VII firma su sentencia de muerte en base al artículo número 7 del decreto de 1 de octubre de 1830:Toda maquinación en el interior del reino para actos de rebeldía contra mi autoridad soberana o suscitar conmociones populares que lleguen a manifestarse por actos preparatorios de su ejecución, será castigada en los autores y cómplices con la pena de muerte.
